水圏の重要な生産者である不等毛植物 (オクロ植物) に加えて、腐生者である卵菌、寄生者であるオパリナ類、捕食者であるビコソエカ類などが含まれる大きな系統群。単細胞性のものが多いが、卵菌は隔壁のない多核の菌糸を形成し、褐藻 (不等毛植物門) はある程度の組織分化を伴う巨大な多細胞体をつくる。淡水から海水まで水圏に多いが、土壌や陸上植物への寄生など陸上域に生育する種もいる。

遊走細胞は前後に伸びる不等運動性の鞭毛をもち、前方へ伸びる鞭毛 (no.2鞭毛) に管状小毛が付随する (ストラメノパイラの名の由来)。管状小毛の存在によって単純な鞭毛打による餌粒子の引寄せ、鞭毛方向への遊泳が可能になる。鞭毛移行部にはトランショナルヘリックスとよばれる螺旋構造が存在するものが多い。ミトコンドリアクリステは管状。不等毛植物は紅色植物との2次共生に起因する4重膜で囲まれた葉緑体をもつ。２分裂や遊走子・胞子形成による無性生殖を行う。有性生殖を行うものでは、同型配偶子接合から卵生殖、接合が知られる。複相世代が主となっているものが多いが (オパリナ類、卵菌、珪藻、ラフィド藻)、褐藻ではさまざまなタイプの世代交代が知られる。