今回は生物学的ネットワークを可視化できるCytoscapeというツールをご紹介します。Cytoscapeはカリフォルニア州立大学サンディエゴ校やサンフランシスコ校、Agilent社などにより開発されているJAVAによるオープンソースで誰でもフリーに使用できます。
Cytoscape 公式サイト : http://www.cytoscape.org/
開発者に日本人の方が入っていて、Cytoscapeの開発状況や操作方法を日本語のブログで詳しく説明していますので使い方をマスターするには好都合です。また、日本語ドキュメント化プロジェクトも立ち上がっています。
Cytoscape Info. : http://cytoscape.seesaa.net/
日本語ドキュメント : http://cydoc.sourceforge.jp/
Cytoscapeの機能をひと言で言うと、“関係データ(ネットワークデータ)”を “ノードと呼ばれる頂点の集合”と“エッジと呼ばれるノードを結合する辺の集合”で可視化し、それらをインタラクティブに操作できることです。ネットワークデータならば何でも利用可能です。
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