BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000506|10256
(10,256 letters)
Database: NAE000506.fasta
1 sequences; 10,257 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000506|10257|diff 2.030e+04 0.0
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Strand = Plus / Plus
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Query: 4633 ataaatatgtgattcatatcacatatttat 4662
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Sbjct: 4662 ataaatatgtgatatgaatcacatatttat 4633
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4534 ttacgcgcgcgtaa 4547
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Sbjct: 4547 ttacgcgcgcgtaa 4534
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3806 taaacagcgcaat 3818
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Sbjct: 8247 taaacagcgcaat 8235
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8235 attgcgctgttta 8247
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Sbjct: 3818 attgcgctgttta 3806
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5655 tcgccaccggca 5666
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Sbjct: 9525 tcgccaccggca 9514
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5206 tgcgctggcgga 5217
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Sbjct: 8904 tgcgctggcgga 8893
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 839 tgtttattacca 850
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Sbjct: 7278 tgtttattacca 7267
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9513 tgccggtggcga 9524
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Sbjct: 5666 tgccggtggcga 5655
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8893 tccgccagcgca 8904
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Sbjct: 5217 tccgccagcgca 5206
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2084 gaagaattcttc 2095
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Sbjct: 2095 gaagaattcttc 2084
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7267 tggtaataaaca 7278
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Sbjct: 850 tggtaataaaca 839
Database: NAE000506.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,257
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 92
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 92
Number of successful extensions: 22
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,256
length of database: 10,257
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,242
effective length of database: 10,243
effective search space: 104908806
effective search space used: 104908806
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)