BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000466|10208
(10,208 letters)
Database: NAE000466.fasta
1 sequences; 10,209 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000466|10209|diff 2.022e+04 0.0
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Sbjct: 5947 atgccggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaa 5909
Score = 46.1 bits (23), Expect = 1e-06
Identities = 35/39 (89%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5908 tttgtaggccggataaggcgttcgcgccgcatccggcat 5946
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Sbjct: 870 tttgcaggcaggataaggcgtttacgccgcatccggcat 832
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.083
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 783 tgtaggcctgataag 797
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Sbjct: 5877 tgtaggcctgataag 5863
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.083
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5862 cttatcaggcctaca 5876
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Sbjct: 797 cttatcaggcctaca 783
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3376 ctgtgcgcgcacag 3389
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Sbjct: 3390 ctgtgcgcgcacag 3377
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8796 cgcttataagcg 8807
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Sbjct: 8808 cgcttataagcg 8797
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8553 ttcaccggtgaa 8564
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Sbjct: 8565 ttcaccggtgaa 8554
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 811 cgcatcaggcat 822
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Sbjct: 5857 cgcatcaggcat 5846
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1016 cacgatcgcgtg 1027
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Sbjct: 5485 cacgatcgcgtg 5474
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2190 caacaccagcgccagc 2205
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Sbjct: 4255 caaccccagcgccagc 4240
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 583 tggtttcccgtg 594
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Sbjct: 2424 tggtttcccgtg 2413
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1836 atcttcgccatc 1847
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Sbjct: 2228 atcttcgccatc 2217
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4239 gctggcgctggggttg 4254
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Sbjct: 2205 gctggcgctggtgttg 2190
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2217 gatggcgaagat 2228
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Sbjct: 1847 gatggcgaagat 1836
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5473 cacgcgatcgtg 5484
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Sbjct: 1027 cacgcgatcgtg 1016
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5845 atgcctgatgcg 5856
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Sbjct: 822 atgcctgatgcg 811
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2413 cacgggaaacca 2424
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Sbjct: 594 cacgggaaacca 583
Database: NAE000466.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,209
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 75
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 75
Number of successful extensions: 35
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 18
length of query: 10,208
length of database: 10,209
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,194
effective length of database: 10,195
effective search space: 103927830
effective search space used: 103927830
T: 0
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X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)