BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000361|10385
(10,385 letters)
Database: NAE000361.fasta
1 sequences; 10,385 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000361|10385|same 2.059e+04 0.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 883 agaaaggtaacttcccccgcgagagggaagttacctttct 922
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Sbjct: 922 agaaaggtaacttccctctcgcgggggaagttacctttct 883
Score = 42.1 bits (21), Expect = 2e-05
Identities = 24/25 (96%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8563 caacgcgtacccagggtacgcgttg 8587
|||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 8587 caacgcgtaccctgggtacgcgttg 8563
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 26/30 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7171 aaaaatgccagcccggaggctggcattttt 7200
||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct: 7200 aaaaatgccagcctccgggctggcattttt 7171
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3627 tctgtttatgca 3638
||||||||||||
Sbjct: 9737 tctgtttatgca 9726
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3108 agaagctctggg 3119
||||||||||||
Sbjct: 7280 agaagctctggg 7269
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4447 attaaatttaat 4458
||||||||||||
Sbjct: 4458 attaaatttaat 4447
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4151 tctttagaataa 4162
||||||||||||
Sbjct: 4360 tctttagaataa 4349
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 709 gaataaagatat 720
||||||||||||
Sbjct: 4224 gaataaagatat 4213
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 998 attcgtattgtc 1009
||||||||||||
Sbjct: 4176 attcgtattgtc 4165
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4349 ttattctaaaga 4360
||||||||||||
Sbjct: 4162 ttattctaaaga 4151
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3781 aaagatatcttt 3792
||||||||||||
Sbjct: 3792 aaagatatcttt 3781
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9726 tgcataaacaga 9737
||||||||||||
Sbjct: 3638 tgcataaacaga 3627
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7269 cccagagcttct 7280
||||||||||||
Sbjct: 3119 cccagagcttct 3108
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4165 gacaatacgaat 4176
||||||||||||
Sbjct: 1009 gacaatacgaat 998
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4213 atatctttattc 4224
||||||||||||
Sbjct: 720 atatctttattc 709
Database: NAE000361.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,385
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 155
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 155
Number of successful extensions: 105
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,385
length of database: 10,385
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,371
effective length of database: 10,371
effective search space: 107557641
effective search space used: 107557641
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)