BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000235|10479
(10,479 letters)
Database: NAE000235.fasta
1 sequences; 10,479 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000235|10479|same 2.077e+04 0.0
>NAE000235|10479|same
Length = 10479
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10321 ttcccattattaacctcgtcagatgttgtgttcttgttagcaaccgcgctctgtgggcgg 10380
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Sbjct: 10321 ttcccattattaacctcgtcagatgttgtgttcttgttagcaaccgcgctctgtgggcgg 10380
Query: 10381 tttagtcaggttcacattatcagtactgatgcaaaggggattgcctgcacctgccaggtt 10440
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Sbjct: 10381 tttagtcaggttcacattatcagtactgatgcaaaggggattgcctgcacctgccaggtt 10440
Query: 10441 gtttggcaggtgtgccagcttttcatacagtggatgccc 10479
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Sbjct: 10441 gtttggcaggtgtgccagcttttcatacagtggatgccc 10479
Score = 52.0 bits (26), Expect = 2e-08
Identities = 40/42 (95%), Gaps = 2/42 (4%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5318 taactaattggcgttgca-gtacatgcaacgccaattagtta 5358
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Sbjct: 5358 taactaattggcgttgcatgtac-tgcaacgccaattagtta 5318
Score = 46.1 bits (23), Expect = 1e-06
Identities = 26/27 (96%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8015 aaaaaacggcacctggtgccgtttttt 8041
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Sbjct: 8041 aaaaaacggcaccaggtgccgtttttt 8015
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 780 tcattggggattatctga 797
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Sbjct: 5449 tcattggggattttctga 5432
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5432 tcagaaaatccccaatga 5449
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Sbjct: 797 tcagataatccccaatga 780
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6428 gcgaaaaaagtga 6440
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Sbjct: 9589 gcgaaaaaagtga 9577
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9577 tcacttttttcgc 9589
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Sbjct: 6440 tcacttttttcgc 6428
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10399 atcagtactgat 10410
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Sbjct: 10410 atcagtactgat 10399
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7122 tggcggaactgg 7133
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Sbjct: 9265 tggcggaactgg 9254
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8786 ggcatcgatgcc 8797
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Sbjct: 8797 ggcatcgatgcc 8786
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2590 ccggtaaaactg 2601
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Sbjct: 7245 ccggtaaaactg 7234
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9254 ccagttccgcca 9265
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Sbjct: 7133 ccagttccgcca 7122
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2881 aactggcaggca 2892
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Sbjct: 5468 aactggcaggca 5457
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1991 atgcttaatttt 2002
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Sbjct: 2996 atgcttaatttt 2985
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5457 tgcctgccagtt 5468
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Sbjct: 2892 tgcctgccagtt 2881
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7234 cagttttaccgg 7245
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Sbjct: 2601 cagttttaccgg 2590
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2985 aaaattaagcat 2996
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Sbjct: 2002 aaaattaagcat 1991
Database: NAE000235.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,479
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 120
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 120
Number of successful extensions: 32
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 17
length of query: 10,479
length of database: 10,479
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,465
effective length of database: 10,465
effective search space: 109516225
effective search space used: 109516225
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)