BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000147|10577
(10,577 letters)
Database: NAE000147.fasta
1 sequences; 10,577 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000147|10577|same 2.097e+04 0.0
>NAE000147|10577|same
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10201 taccgatctggctttccagtcttgccggtgttttcgctccaggcagaaggtaaaccccac 10260
Query: 10261 tgctggattttgcattcagcctgttttgctgagtgattttgactgtttcttgattgagtt 10320
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Sbjct: 10261 tgctggattttgcattcagcctgttttgctgagtgattttgactgtttcttgattgagtt 10320
Query: 10321 gcgtcatctcctggttcagcgtgctgacgctgtgtttcatctgtcgcacttcactttgct 10380
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Sbjct: 10321 gcgtcatctcctggttcagcgtgctgacgctgtgtttcatctgtcgcacttcactttgct 10380
Query: 10381 gcacacaggcgctaaggctgaacaggcttcccagcaggagcagtcgaaaaacgttagtat 10440
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Sbjct: 10381 gcacacaggcgctaaggctgaacaggcttcccagcaggagcagtcgaaaaacgttagtat 10440
Query: 10441 tcataggtcgtccctttctcgtcgcaattagcctaatggtagagggtaaaagcagcgaaa 10500
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Sbjct: 10441 tcataggtcgtccctttctcgtcgcaattagcctaatggtagagggtaaaagcagcgaaa 10500
Query: 10501 gcatcgatcctttatctcaaaagcgttgcgcctttgttgtatcgtcagttcagggtaaaa 10560
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Sbjct: 10501 gcatcgatcctttatctcaaaagcgttgcgcctttgttgtatcgtcagttcagggtaaaa 10560
Query: 10561 tagatttccgttaacca 10577
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Sbjct: 10561 tagatttccgttaacca 10577
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Identities = 24/27 (88%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8689 aaatgccgggaataaatcccggcattt 8715
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 4179 agcaggatacggcgt 4165
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Sbjct: 1638 acgccgtatcctgct 1624
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Strand = Plus / Minus
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Strand = Plus / Minus
Query: 4657 tattcacgcgctt 4669
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Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
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Query: 6797 gcgaacgtactga 6809
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Query: 3318 gcggtactggcg 3329
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Query: 10522 agcgttgcgcct 10533
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Sbjct: 6744 agcgttgcgcct 6733
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Strand = Plus / Minus
Query: 379 gttggtttacac 390
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Sbjct: 5960 gttggtttacac 5949
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Query: 4853 attaatattaat 4864
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Sbjct: 4864 attaatattaat 4853
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Identities = 12/12 (100%)
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Query: 9568 cgccagtaccgc 9579
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Sbjct: 3329 cgccagtaccgc 3318
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Query: 5949 gtgtaaaccaac 5960
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Sbjct: 390 gtgtaaaccaac 379
Database: NAE000147.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,577
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 82
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 82
Number of successful extensions: 18
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
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length of query: 10,577
length of database: 10,577
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effective length of query: 10,563
effective length of database: 10,563
effective search space: 111576969
effective search space used: 111576969
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